Katedra Biochemii i Chemii Klinicznej istnieje w strukturach Wydziału Farmaceutycznego od 1991 roku, ale jej początki sięgają  roku 1961. Po reorganizacji struktury Uczelni po roku 1968 z Katedry powstały dwa zakłady: Zakład Metabolizmu Leków oraz Zakład Analityki Klinicznej przekształcony następnie w Zakład Patobiochemii i Chemii Klinicznej. W roku 1991 z inicjatywy Prof. Jana Pachecka dokonano połączenia obu Zakładów i utworzenia Katedry i Zakładu Biochemii i Chemii Klinicznej.

Pierwszym  kierownikiem Katedry był prof. dr hab. Jan Pachecka, który pełnił tę funkcję w lalach 1991-2009. Prof. Jan Pachecka  położył ogromne zasługi dla powołania w roku 2002  na Wydziale Farmaceutycznym Oddziału Analityki Medycznej przekształconego następnie w Oddział Medycyny Laboratoryjnej.  W roku 2009 kierownictwo Katedry objął prof. dr hab. Dariusz Sitkiewicz, który dokonał zmian w strukturze jednostki stymulujących rozwój działalności naukowej pracowników. W roku 2010 powstały cztery zakłady naukowo-badawcze: Zakład Biochemii i Chemii Klinicznej, Zakład Biologii Molekularnej, Zakład Farmakogenomiki oraz Zakład Laboratoryjnej Diagnostyki Medycznej. W związku z objęciem przez prof. Macieja Małeckiego, kierownika Zakładu Biologii Molekularnej, kierownictwa Katedry Farmacji Stosowanej,  Zakład Biologii Molekularnej został przeniesiony do tejże jednostki. W tym okresie w Katedrze Biochemii i Chemii Klinicznej dokonano również modernizacji bazy dydaktycznej i unowocześnienia programów nauczania.

W roku 2011 obchodziliśmy jubileusz 50-lecia działalności naukowej i dydaktycznej Katedry. Konferencja Naukowa z tej okazji połączona z odsłonięciem tablicy pamiątkowej poświęconej Profesorowi Wiesławowi Tysarowskiemu – twórcy i pierwszemu kierownikowi Katedry, odbyła się 14 lutego 2011 r. Konferencja jubileuszowa była okazją do spotkania byłych pracowników Katedry a także przypomnienia jej wybitnych wychowanków. Wśród gości Konferencji było wiele wybitnych postaci polskiej biochemii wywodzących się z grona byłych pracowników Katedry a wśród nich Prof. dr hab. Joanna Rytka i Prof. dr hab. Grażyna Palamarczyk z Instytutu Biochemii i Biofizyki PAN oraz Prof. dr hab. Roman Lorenc z Centrum Zdrowia Dziecka. 

W roku 2013, po przyjściu prof. dr hab. Dariusza Sitkiewicza na emeryturę kierownikiem Katedry została prof. dr hab. Grażyna Nowicka pełniąca jednocześnie funkcję kierownika Zakładu Farmakogenomiki oraz Prodziekana ds. Oddziału Medycyny Laboratoryjnej. 

W związku z przejściem  prof. Jacka Łukaszkiewicza na emeryturę  Senat WUM zaakceptował dokonanie od 1 października 2016 zmian w strukturze Katedry Biochemii i Chemii Klinicznej i utworzenie dwóch zakładów: Zakładu Biochemii i Farmakogenomiki oraz Zakładu Chemii Klinicznej i Diagnostyki Laboratoryjnej.